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1.經濟發展與生態保育衝突
台灣因房仲市場的興起，對土石的需求量增加而大量挖掘河川，並且在無完善的法 律規範下導致非法的濫採，除了使橋樑的安全性受到威脅之外也使得海岸線被掏空，產生了副作用。另外，由於濕地地勢低窪，也成為各級政府做為處理垃圾的選擇，許多河川濕地、埤塘成了垃圾、工業有毒廢氣物、建築廢土的堆置場。因此一些只重視經濟效益卻未對濕地保護做全盤規劃的後果，讓我們必須對生態保育付出相當大的 成本，才能恢復濕地原有的面貌。
2.人為因素
大量濕地被破壞後，產生包括水患、地層下陷、地下水鹽化、魚產減少、海岸線退縮、地下水被污染等問題。
(1) 任意抽地下水
當城市的地下水被大量抽取，引起地下土壤的壓縮，地面會因此下降。溼地的的結構會改變進而影響動植物的生存。
(2) 垃圾掩埋場的興建
由於濕地地勢低窪，也成為各級政府做為處理垃圾的選擇。舉例來說，高屏溪河畔綿延十多公里的垃圾長城，在所棄置的垃圾中，含有鉛、鎘、砷、汞等重金屬，甚至「戴歐辛」這類有世紀之毒之稱的物質也摻雜其中。這些東西會逐漸滲入河床及地下水中，經由魚類、農產品、飲水過程，再回到人體之中，除了危害我們及後代子孫健康之外，也常造成鳥類被迫在被污染的溼地生存。
(3) 民眾對「溼地保育」的認知不足
雖然近年來環保意識抬頭，但政府及多數民眾都仍未體認到濕地的可貴，濕地的保存往往被窄化為「保護水鳥」的小事，而未了解濕地對海岸保護、防洪及水資源保護的重要性。
(4) 政府未全面性介入
近年來有些濕地，如台南四草鹽田、宜蘭無尾港，因有珍貴的野生動物棲息，而得以依野生動物保育法劃設成野生動物保護區。但其餘絕大部分的濕地，由於缺乏具體濕地保護法律，致無權責機關能主動保護。若不儘速立法保護濕地，並採取積極的補救措施，不久的將來，台灣一半以上的濕地將從地圖上消失。
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