1622年，荷屬東印度公司佔領了澎湖，以之作為東亞貿易的轉口基地。
1623年，荷蘭人在「一鯤鯓」建立一座簡單的，這就是安平古堡的前身。
1624年，在與中國明朝的軍隊激戰了八個月以後，荷蘭人和中國官方達成協議，同意把設置於澎湖的要塞和砲台毀壞，而於1624年轉移至臺灣島，中國則不干涉荷蘭對臺灣的佔領。荷蘭人佔臺以後，在原來的砦城舊城址上，以荷蘭執政的門閥「奧倫治」為名，重新興建規模宏大的城堡「奧倫治城」，1627年以荷蘭行省名澤蘭省（或譯熱蘭省）改建命名為「熱蘭遮城」，至1632年始完成首期堡底工程。當時，這座城堡是荷蘭人統治臺灣全島和對外貿易的總樞紐。
1626年，日本人濱田彌兵衛帶領朱印船船隻到臺灣買生絲，並向東印度公司借用戎克船到泉州運回貨物遭拒，濱田彌兵衛相當不滿，又知悉新港社原住民不堪荷蘭的虐待，在1627年帶領該社16名原住民向長崎代官末次平藏控訴荷蘭人壓迫，準備鼓勵江戶幕府採取反荷作為。
1628年春天，濱田彌兵衛率船來臺，同行者共470名，其中包含先前16名臺灣原住民，荷蘭的臺灣長官彼得•奴易茲，將武器及火藥全數扣留，並軟禁濱田及禁錮十六名原住民。濱田闖入彼得•奴易茲住處，綁架彼得•奴易茲及其兒子，並以彼得•奴易茲之子為人質返回日本，並封閉荷蘭在平戶的商館。荷蘭巴達維亞方面感到事態嚴重，在1629年將彼得•奴易茲撤職，且宣判兩年有期徒刑。
1632年，荷蘭將他引渡至日本監禁，荷蘭人在日本的貿易才獲得恢復。
1662年，鄭成功攻下「熱蘭遮城」，順利將荷蘭人驅逐出臺灣，建立了臺灣歷史上第一個漢人政權。鄭氏因為懷念閩南第二故鄉泉州府晉江縣的「安平」，同時也將該城改為「安平鎮城」，這就是現今「安平古堡」這個名稱的由來。鄭氏王朝三代統治者均駐居此城，故又叫「王城」。