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 二仁溪的汙染已經20幾年了始終沒看到甚麼改變，由於惡劣的工廠排放廢水，使得熔煉過程的空氣污染危害附近居民及學校師生，業者顧著賺錢，讓居民承受這些水質的汙染，行為實在是讓人無法領教，政府如果不在關注、逞罰這些業者讓他們得到教訓，將使這條河川長年不能再使用，環境也會遭受威脅。
拆除二仁溪旁的工廠只是整治的一小步而已，但有這個當做開頭，就是對環境保護的一大步，民眾的支持與鼓勵，是此次行動成功的關鍵因素；由此證明唯有民眾勇敢的向污染源說不，民氣可用，政府落實執行公權力，非法業者才會有所覺悟！二仁溪的汙染多以畜牧業、工廠排放廢水：金屬表面處理業、金屬業、電鍍業、印染整理業、化工業等。但就算政府拆除掉這邊的一小部分，仍有一些死非復燃的繼續，時常進行一些相關作業，為改善二仁溪污染問題，環保署於89年09月27日由副署長擔任召集人，成立「二仁溪違法熔煉業污染整治專案小組」，並責成高雄縣、台南縣、台南市政府成立執行小組推動工作。中央與地方成立專案小組後，立即訂定執行時程，確定89年12月底全面遏阻熔煉業操作，完成所有拆除準備；90年06月底完成三縣市約60家違章熔煉業拆除。
而負責監督的環保署郝署長正式下達拆除，和中央與地方緊密結合，工務、警察、環保人員聯手出擊二仁溪畔非法熔煉廠的命令！開始了環境保護的整治工作，雖然二仁溪整治工作千頭萬緒，但環保署自始即認定該流域最急需解決的就是違章熔煉業造成之空氣、水、廢棄物及土壤等污染問題，因此自始即以解決違法熔煉業所造成之重大污染為目標，擬訂「二仁溪違法熔煉廠強制拆除執行計畫」。
於民國75年元月8日，在茄萣海域發生養殖牡蠣呈現不正常的綠色，正常新鮮的牡蠣她中間的囊包都應該呈現灰白的顏色，而牡蠣怎麼會平白無故的變成綠色的呢？當地養殖牡蠣的居民，發現這種情形也都很疑惑到底是什麼原因造成這種現象。經由環保署檢測，發現養殖的牡蠣大量吸收『銅離子』，體內蓄積高量的銅，而造成綠變，被稱之為「綠牡蠣」。會造成綠牡蠣的真正原因是因為二仁溪的兩岸有廢五金業者焚燒廢五金及利用鹽酸、硫酸、硝酸等強酸洗廢五金，而導致這條溪含有高濃度的重金屬，是因為沒有經過處理就排入二仁溪中，就隨著溪水流到海裡，事件爆發後，驚覺牡蠣含銅量最高達4400ppm，還引起全國消費者的恐慌。
綠牡蠣的事件被爆出來時，令大家都不可想像，他不僅對河川造成汙染，同時也對人體有嚴重的傷害。受汙染的牡蠣體諒積蓄高量的銅，而大量的重金屬『銅』會容易造成人體內的臟器產生負擔，特別是肝和膽，當這兩種器官出現問題後，維持人體內的新陳代謝就會出現紊亂，肝硬化，肝腹水甚至更爲嚴重，有些人在不知情的情況下，吃了這些綠牡蠣而發生身體不舒服的情形。 綠牡蠣重金屬汙染事件，不僅為全國民眾帶來恐慌，也讓那些辛苦養殖牡蠣的養殖業者造成嚴重的損失，而那些蚵農與受害者所損失的也不曉得該找誰賠償，海域附近的養殖場，打開這些牡蠣，看到中間的肉質呈綠色，感覺就像中了毒，連蚵農都不敢採收。海域蚵農：「今年不敢撿了啦！怕撿了給人吃會害人家身體不好，這種污染的牡蠣賣出去我們也不能心安。」
台灣河川在哭泣！ 二仁溪污染最嚴重的時期 河流分支圖
環保署指出，二仁溪的主要污染源來自於三十六萬人排放的生活廢水，污染排放量佔四成三，其次為二十七萬頭養豬廢水佔四成，沿岸五百一十三家列管事業廢水則佔九％，在民國82年環保署及地方政府執行強力拆除違章廢五金熔煉廠，並配合禁止廢五金進口，大幅減少熔煉業及其污染行為，河川中重金屬銅含量方獲改善。但是下游廢五金熔煉業，依舊為二仁溪的主要污染問題，除造成當地之空氣及廢水污染，任意棄置廢棄物與傾倒金屬灰碴至河川，長期的累積危害當地居民呼吸、肌肉神經系統。另因違章廢五金熔煉業的暗管排放廢水，所造成的重金屬污染，也影響嚴重河川水質及附近海域生態。然而，環保署強調，去年二仁溪與鹽水溪的嚴重污染評比，分別為倒數第二、三名，沒想到這次反而分居全台嚴重污染河川第一、二名，分析其因，除了養豬業排放養豬廢水之外，與台南縣市尚未設置污水下水道排放系統、未落實水質淨化廠等現地處理工作，以及河川附近工廠排放大量事業污染廢水，地方政府疏於執行稽查有關。
二仁溪污染的地帶 |
