碧雲寺位於本嶼大寮莊山頂，即上福村與大福村之間，恰當琉球嶼之中心。
據該寺重建記事碑記載：清光緒元年（公元一八七五年春），有位粵籍泥水匠李宗榮先生，受聘修築恆春城，於竣工歸途搭乘帆船，路經本嶼附近，突遭狂凡巨浪，只好暫時避難本嶼，他聽說，此地的佛祖很靈驗，於是進亭參拜許願，如佛祖能保佑他安順回至家鄉，願將觀音亭改建成瓦廟，事後果然安返故里。
光緒三年秋嶼民共謀改建，李氏聞風而至，終於同年底改建完成，並改稱為「碧雲寺」，台灣光復後，民國四十三年，地方人士又再次募資重建，仲秋時，完成規模宏偉壯觀的「碧雲寺」。
