興農牛隊1995年11月5日興農企業以新台幣2億9千萬元買下俊國熊隊55%的股權，更名為興農熊隊；1996年6月7日，興農再以新台幣2億3千7百20萬元買下剩餘的45%股權。興農公司以農起家，於是改以牛作為球隊吉祥物，正式更名為興農牛隊。這也是台灣職棒史上第一宗球團買賣案例。

　　興農牛隊擁有多名1992年巴塞隆納奧運銀牌代表隊主力選手，卻在成立後連續八年無法獲得總冠軍，1998年、2000年、2003年三次參與台灣大賽，分別以三比四、三比四、二比四敗北。因此2004年球季初，球隊董事會認為球隊耗資過多又未獲得總冠軍之榮耀，對支持棒球運動的立場產生顧慮，總裁楊天發於開訓時對外宣稱若再拿不到總冠軍將要解散球隊；當年興農牛隊立即在台灣大賽中以4勝3敗擊敗統一獅隊，獲得暌違八年的第一座台灣大賽冠軍。2005年興農牛隊再次打進台灣大賽，以直落四擊退誠泰Cobras隊完成隊史首度二連霸。

　　興農牛隊過去採用精兵政策，球員人數精簡，無二軍制度。2009年因米迪亞暴龍隊被除名、中信鯨隊解散，興農網羅了兩隊多名好手使人員充足，同時在體委會要求各隊需要建立二軍，才繼續將球員交由職棒代訓，以及徐生明總教練當初簽約的附加條件，終於成立興農二軍，是最晚成立二軍的球隊。目前有自己專門的球探，於業餘及學生棒球中挖掘有潛力的年輕球員。近年來也在劉志昇的大力戰力補強，2008年補進三小牛蔡明晉、林其緯、沈福仁，2009年林益全、林克謙，2010年補進二軍全壘打王吳宗峻及國手常客林國民，大大改善牛隊的體質。同年，還簽下日本職棒4屆救援王高津臣吾，把守最後一關卡，成功的於2010年上半季奪得冠軍。