現代記載中草藥的教科書所採用的分類方法，根據其目的與重點而有不同，主要有下列四種：
　　1. 按藥物功能分類--如解毒藥、清熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。
　　2. 按藥用部分分類--如根、葉類、花類、皮類等。
　　3. 按有效成分分類--如含生物鹼的中藥草、含揮髮油的中藥草等。
　　4. 按自然屬性和親緣關係分類--先把中草藥分為植物藥、動物藥和礦物藥。動植物藥材再根據其原植物原動物的親緣關係來分類和排列次序。三者裡植物類的比例占最高，用也很普遍，所以古來相沿藥學叫做"本草學"。在日常生活中也很常見的到，如人參、三七、大黃、當歸、地黃、川芎等，都是屬於植物類的，都是取於植物的營養器官根、莖、葉、及生殖器官都是可經過加工變成中藥食品。

　　上述各種分類方法各有優缺點，究竟以採用那一種分類方法比較適宜，主要取決於我們的需求以及身體的體質去調製。藥物功能分類，有利於學習和研究中草藥的作用和用途和比較各類藥材的外部形態和內部構造，因而有利於藥材的性狀鑒定和顯微鑒定；按有效成分分類有利於學習和研究中草藥的有效成分及其化學鑒定。採用按藥材自然屬性和親緣關係分類的方法，這是由於同科屬的中草藥在外部形態，內部構造、化學成分和醫療應用等方面往往有很多相似之處。採用這種分類方法不但便於學習和研究這些共同點，也便於比較它們的特異點，以揭示其規律性，這樣，既有利於中草藥的鑒定也有利於從同科屬動植物中尋找含有相同或類似成分的動植物，以擴大藥物資源。